جمع آوری جریان میانی ادرار به صورت استریل: از اولین ادرار صبحگاهی تهیه می شود و باید به بیماران جهت دست یابی به نتایج درست آموزش داده شود. به منظور تهیه ادرار ضروریست که نواحی اطراف مجاری ادراری و مقعد به خوبی با آب و صابون از جلو به عقب تمیز شده و سپس با آب شستشو داده شود. این عمل خصوصاً در خانم ها بسیار لازم و مفید است و دهانه دستگاه تناسلی، در طی شستشو باید از هم جدا نگه داشته شود. پس از شستشو، بعد از تخلیه چند میلی لیتر اولیه ادرار به داخل توالت ( به منظور بیرون راندن باکتری های مجرا) ادرار میانی را مستقیماً در داخل یک ظرف دهان گشاد استریل درپوش دار ریخته و درب آن محکم بسته شود. در مردان شستشو ضرورتی ندارد.
اگر پزشک بخواهد منشاء عفونت را در مردان شناسایی نماید (مثانه و پروستات) باید از روش جمع آوری نمونه در سه ظرف استفاده نماید. ۵-۱۰ ml اول ادرار نشان دهنده نمونه مجرا است. سپس مقداری از ادرار را دور ریخته و ml 10 بعدی جمع آوری می شود (نمونه جریان میانی ادرار) بعد از اینکه مثانه خالی شد، بیمار را ماساژ پروستات داده و سپس ترشحات پروستات جمع آوری می گردد. وجود میکروارگانسیم بیشتر، در سومین نمونه ادرار (۱۰ برابر یا بیشتر) نسبت به اولین نمونه نشان دهنده عفونت پروستات خواهد بود.
